1.Izaziva zaslanjivanje tla
Ako se pileći gnoj koristi godinama, velika količina natrijum hlorida ostaje u tlu. Previše soli će ozbiljno ograničiti propusnost i aktivnost tla. Stvrdnjavanje važnih elemenata kao što je fosfatno đubrivo, kalijumsko đubrivo, kalcijum, magnezijum, cink, gvožđe, bor i mangan ograničavaju poboljšanje prinosa i kvaliteta usjeva.
2.Gori korijenje i sadnice
Lako je izazvati bolesti i smrt biljaka ako pileći gnoj nije temeljito fermentiran. Ako zabodete ruku u zemlju nakon upotrebe pilećeg stajnjaka koji nije u potpunosti fermentisan, osjetit ćete da je temperatura tla viša. Ovo je druga fermentacija sirovog stajnjaka u tlu. Posebno u proljeće i ljeto, kada je visoka temperatura u stakleniku, sekundarna fermentacija sirovog stajnjaka će emitovati mnogo toplote, što je lako izazvati izgaranje korijena
3.Donesite antibiotike
Danas, u uzgoju krupne stoke i peradi, veliki broj antibiotika se koristi za poboljšanje iskorištavanja hrane i promicanje rasta životinja. O 70% antibiotici se ne mogu apsorbirati nakon upotrebe, pa je sadržaj antibiotika u životinjskom izmetu općenito visok. Antibiotici sadržani u nemotanom pilećem gnoju ozbiljno će utjecati na fiziološki proces korijena usjeva i značajno inhibirati njegov rast.
4.Uzgoj nematoda korijenskog čvora
Pileće gnojivo je logor i leglo nematoda korijenskih čvorova. Broj jaja koje nosi kokošji stajnjak je 100 per 1000 grama. Nematode su izuzetno osjetljive na hemijske agense. Nakon prskanja, nematode će brzo krenuti u dubinu 50 cm-1,5 m pod zemljom za bijeg. Jaja nematoda u kokošjem gnojivu se lako izlegu i preko noći se razmnožavaju desetinama hiljada, pa je bolest teško iskorijeniti.