1.Põhjustab mulla sooldumist
Kui kanasõnnikut kasutatakse aastaid, mulda jääb suur kogus naatriumkloriidi. Liiga palju soola piirab tõsiselt mulla läbilaskvust ja aktiivsust. Oluliste elementide, nagu fosfaatväetis, tahkumine, kaaliumväetis, kaltsium, magneesium, tsink, raud, boor ja mangaan piiravad saagikuse ja kvaliteedi paranemist.
2.Põlevad juured ja seemikud
Kui kanasõnnikut põhjalikult ei kääritata, on lihtne tekitada taimehaigusi ja surma. Kui pistate käe mulda pärast kanasõnniku kasutamist, mis ei ole põhjalikult kääritatud, tunnete, et mulla temperatuur on kõrgem. See on teine tooresõnniku kääritamine mullas. Eriti kevadel ja suvel, kui kasvuhoones on kõrge temperatuur, tooresõnniku sekundaarne käärimine eraldab palju soojust, mida on lihtne juurepõletust tekitada
3.Tooge antibiootikume
Tänapäeval, suuremahulises looma- ja linnukasvatuses, söödakasutuse parandamiseks ja loomade kasvu soodustamiseks kasutatakse suurt hulka antibiootikume. Ümber 70% antibiootikumid ei saa pärast kasutamist imenduda, seega on antibiootikumide sisaldus loomade väljaheites üldiselt kõrge. Lahtirullitud kanasõnnikus sisalduvad antibiootikumid mõjutavad tõsiselt põllukultuuride juurte füsioloogilist protsessi ja pärsivad oluliselt selle kasvu.
4.Juuresõlmnematoodide paljunemine
Kanasõnnik on juurevõsa nematoodide laager ja kasvukoht. Kanasõnnikuga kantud munade arv on 100 per 1000 grammi. Nematoodid on keemiliste mõjurite suhtes äärmiselt tundlikud. Pärast pihustamist, nematoodid liiguvad kiiresti sügavusele 50 cm-1,5 m maa all põgeneda. Kanasõnnikus olevaid nematoodimune on lihtne kooruda ja need paljunevad üleöö kümnete tuhandetega, seega on haigust raske välja juurida.