1.Uzrokuje salinizaciju tla

Ako se kokošji gnoj koristi godinama, velika količina natrijeva klorida ostaje u tlu. Previše soli ozbiljno će ograničiti propusnost i aktivnost tla. Stvrdnjavanje važnih elemenata kao što je fosfatno gnojivo, kalijevo gnojivo, kalcij, magnezij, cinkov, željezo, bor i mangan ograničavaju poboljšanje prinosa i kvalitete usjeva.

2.Spaljivanje korijenja i sadnica

Lako je uzrokovati bolest biljaka i smrt ako pileći gnoj nije temeljito fermentiran. Ako nakon korištenja pilećeg stajskog gnoja umetnete ruku u tlo koji nije temeljito fermentiran, Osjetit ćete da je temperatura tla veća. Ovo je druga fermentacija sirovog stajskog gnoja u tlu. Posebno u proljeće i ljeto, Kad je temperatura visoka u stakleniku, Sekundarna fermentacija sirovog stajskog gnoja emitirat će puno topline, što je lako uzrokovati spaljivanje korijena

3.Donijeti antibiotike

Danas, U velikoj stoci i uzgoju peradi, Veliki broj antibiotika koristi se za poboljšanje korištenja hrane i promicanje rasta životinja. Oko 70% antibiotika se ne može apsorbirati nakon uporabe, Dakle, sadržaj antibiotika u životinjskom izmetu općenito je visok. Antibiotici sadržani u neumotanom kokošjem gnoju ozbiljno će utjecati na fiziološki proces korijena usjeva i značajno inhibirati njegov rast.

4.Uzgoj nematoda kvržice

Kokošji gnoj je logorište i leglo nematoda korijenovih kvržica. Broj jaja koje nosi kokošji gnoj je 100 po 1000 grama. Nematode su izrazito osjetljive na kemijska sredstva. Nakon prskanja, nematode će se brzo pomaknuti u dubinu 50 cm-1,5 m pod zemljom za bijeg. Jaja nematoda u kokošjem gnoju lako se izlegu i umnože na desetke tisuća tijekom noći, pa je bolest teško iskorijeniti.